Niedzica leży u południowo-wschodnich podnóży Pienin Spiskich, nieopodal Jeziora Czorsztyńskiego i Jeziora Sromowieckiego. Przez wieś przepływa rzeka Nidziczanka. Na południe od Niedzicy przebiega granica polsko-słowacka. Najbliższe przejście graniczne - Łysa nad Dunajcem - 2 km. Na wschód od Niedzicy znajduje się Pieniński Park Narodowy, blisko w Gorce oraz w Tatry. Odległość od Nowego Targu ok. 35 km, od Zakopanego ok. 50 km. od Nowego Sącza ok. 60 km.